I en artikel publicerad i STAR Protocols presenterar forskarna Haylie Helms och Luiz Bertassoni vid Oregon Health and Science University en ny metod för att analysera hur vävnadssammansättning och interaktioner med omgivningen påverkar cellbeteende. Den nya metoden är skräddarsydd för tvådimensionella konstruerade vävnader och cellkulturer, typer av prov som inte är kompatibla med de standardiserade inbäddnings- och snitttekniker som regelmässigt används. Denna innovation tillhandahåller ett sätt att ytterligare förbättra kraften i spatial transkriptomik för att ge värdefulla insikter om hur intercellulära interaktioner påverkar hälsa och sjukdom.
Spatial transkriptomik på encellsnivå är en kraftfull teknik för att analysera genuttryck hos enskilda celler och samtidigt bevara information relaterad till cellernas positionering i en vävnad eller ett organ. Tekniken kombinerar den höga upplösningen hos RNA-sekvensering på encellsnivå med kontextuell information från spatial transkriptomik och har ett brett användningsområde inom biomedicinsk forskning och läkemedelsutveckling.
Även om spatial transkriptomik ger viktiga insikter om cell-cellinteraktioner gör variabilitet mellan prover och patienter när inbäddade och snittade vävnader används att data ofta blir svårtolkad. Utöver detta innebär användandet av vävnadsprov att det inte går att genomföra kontrollerade experiment. I den nya metoden har Helms och Bertassoni anpassat kommersiellt tillgängliga protokoll som är utformade för inbäddade och snittade vävnader för att passa tvådimensionella biofabricerade vävnader. Metoden ger ett flexibelt sätt att kombinera de experimentella fördelarna med konstruerade vävnader och cellkulturer med de analytiska möjligheter som erbjuds av spatial transkriptomik.
Den nya metoden är idealisk för detaljerade vävnader som genereras med hjälp av Biopixlars encellsbioprintningsteknik, men kan också användas för andra tvådimensionella vävnader och cellodlingar. Detta tillvägagångssätt möjliggörs genom att odla och förbereda celler direkt på de objektglas som används i experimentet, vilket eliminerar behovet av provöverföring och snittning.
Några av de viktigaste fördelarna med detta nya tillvägagångssätt, enligt författarna, är att det både bevarar det rumsliga arrangemanget av cellen, samtidigt som det undviker provförlust på grund av snittning. Metoden ger spännande nya möjligheter för forskare att utöka implementeringen av spatial transkriptomik till reproducerbara in vitro-system, vilket ger möjligheter att få nya insikter i spatialt drivna biologiska processer och intercellulära interaktioner.
Läs artikeln Protocol for single-cell spatial transcriptomic profiling of cultured cells and engineered tissues without embedding or sectioning, publicerad i STAR Protocols.